Peu après la bataille de Géonosis la CSI (souhaitant frapper à la
source) attaque les complexes de clonage de la planète Kamino dans le
but de stopper la production de clones. Heureusement pour la
République, les Jedi Aayla Secura et Quinlan Vos ont découvert les
plans de l’ennemi et la défense de Kamino peut s’organiser avant la
bataille proprement dite. Les forces séparatistes sont menées par un
général Mon Calamari renégat nommé Merai (inféodé aux Quarrens).
Celui-ci est un brillant stratège et grâce à son ingéniosité, les
droïdes de combat manquent de peu la destruction de toute une
génération de clones. Mais grâce à l’intervention d’Obi-Wan Kenobi,
d’Anakin Skywalker, de Shaak Ti et du clone Alpha 17, un ARC Trooper
(beaucoup plus proche de Jango Fett que les clones de base), les futurs
soldats de la République seront sauvés. Merai, quant à lui, se sacrifie
afin de faire exploser les anneaux de propulsion hyperespatiale des
chasseurs Jedi, permettant ainsi aux séparatistes de s'échapper.
Quelque temps après la bataille de Kamino, les séparatistes s’en
prennent à Ohma-D'un, une lune de la planète Naboo où réside une
colonie gungan. Ils testent sur la population locale un nouveau gaz
mortel qu’ils ont créé. N’ayant plus de contact avec les colons, Boss
Nass (leader des Gungans) s’inquiète et demande l’aide de la République
qui dépêche sur place un petit commando composé d’Obi-Wan Kenobi,
d’Anakin Skywalker, d’Alpha 17, de la padawan Zule, de son maître,
Glaive et d'une dizaine de soldats clones. Mais une fois arrivés dans
les marais d’Ohma-D'un, ils sont intoxiqués par le gaz et prit en
embuscade par Durge et Asajj Ventress. Pendant que leurs compagnons
s'opposent aux deux généraux séparatistes, Anakin et Alpha 17
parviennent pas à détruire les transports qui devaient convoyer le gaz
jusqu’à Naboo afin d'en exterminer les habitants. Si Glaive se fait
décapiter par l'ennemi tandis que Zule perd un de ses bras, le commando
parvient toutefois à fuir la lune.